Ilmateenistuse kuuprognoosi kohaselt on septembrikuu ilm valdavalt muutlik, õhutemperatuur ja sademete hulk jääb keskmise piiresse.
Kuu alguses jääb Eesti Lääne-Euroopa kõrgrõhuala ja Atlandilt üle Skandinaavia itta liikuvate madalrõhkkondade piirialale, kus kuivem ja soojem ilm vaheldub madalrõhulohkude transporditud niiskema ja tuulisema ilmaga.
Alates 5. kuupäevast tugevneb Skandinaavia kohal uus kõrgrõhuala ja see jääb pikemalt Eesti ilmale mõju avaldama. Kujunevas loodevoolus võib Eestit riivata jahe õhumass ja 5.-7. septembrini on maapinnal öökülmaoht. Teine öökülmaohtlik periood on kuu keskpaiku.
Mihklikuu teisel poolel vahelduvad kõrgrõhuharjad madalrõhulohkudega ja ilm on muutlik. On soojemaid ja kuivemaid, samas vihmasemaid ja jahedamaid ning tuulisemaid ööpäevi.
Kuu tervikuna kujuneb keskmise õhutemperatuuri poolest keskmise lähedaseks või on veidi kõrgem. Septembri õhutemperatuuri keskmine on 10,3-13,1 kraadi. Sademeid on keskmise piires, kohati vähem. Septembrikuu sademete keskmine on 56-74 millimeetrit.