Misso kandis asutati kool juba 1753. aastal, arhiiviallikate järgi 1766. aastal Peräpugola kooli nime all. Pärast 1918. aastat tegutses Missos Pugola algkool, mis 1957. aastal sai nimeks Misso keskkool, 2010. aastal nimetati õppeasutus ümber Misso kooliks.

2017/2018. õppeaastal õppis Misso koolis vaid kaheksa õpilast, millega oldi ühtlasi Eesti kõige väiksem kool. 2020. aasta alguse seisuga õppis veel Misso koolis kolm õpilast, millega hoiti samuti Eesti väikseima kooli tiitlit.